Le Bois du Chapitre est une forêt assez dense, présentant des arbres parfois très vieux (sapins pour la plupart), remarquable par l'abondance des bois morts au sol et sur pied (nécromasse). C'est une zone de combat à végétation dense et diversifiée, ayant une importance notable pour l'avifaune d'intérêt communautaire. 92 espèces d'oiseaux ont été recensées, dont 80 sont nicheuses et 18 sont inscrites à l'annexe 1 de la directive Oiseaux.
Ce vallon forestier est dominé par une hêtraie-sapinière "subnaturelle" sillonnée de ravins, certains fréquemment parcourus par des avalanches, où se développent des forêts de feuillus à érables, aulnes et frênes (selon l'altitude) plus ou moins hygrophiles. La forte pente et l'amplitude altitudinale permettent la présence d'un large gradient de faciès. Les pentes sub-sommitales sont formées de pelouses subalpines calcicoles assez ouvertes et de quelques éboulis et barres rocheuses calcaires.
