Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Un Comité de Pilotage (COPIL) est constitué pour chaque site. Présidé par un élu local, il regroupe l'ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000 : services publics, collectivités, propriétaires, associations, gestionnaires, usagers, scientifiques...
Il supervise la rédaction du Document d'Objectifs (DOCOB) du site et suit sa mise en œuvre, après son approbation par le Préfet. Ce document, après avoir identifié les enjeux de conservation du site, fixe les objectifs et définit les mesures qui peuvent contribuer à la préservation des espèces et habitats ayant justifié la création du site.
Le comité de pilotage choisit une structure porteuse (collectivité territoriale ou groupement de collectivités) qui est chargée de la mise en œuvre du Document d'Objectifs. Celle-ci passe par une participation active des acteurs locaux grâce à différents outils contractuels de gestion :
