16 habitats d'intérêt communautaire sont présents sur le site "Bois de Morgon – Forêt de Boscodon – Bragousse", ce qui représente 51% de la surface totale du site. |
L'étage montagnard est occupé en ubac par la hêtraie-sapinière, bien représentée et en adret par des peuplements de pin sylvestre et de la hêtraie sèche.
La hêtraie-sapinière d'ubac est particulièrement riche sur le site, avec le développement d'un faciès particulier à Trochischantes nodiflora. Le climat et la continuité historique de la forêt permettent la présence d'un sous-bois à la végétation très diversifiée. On y trouve en particulier des orchidées typiquement forestières : L'Epipogon sans feuille (Epipogium aphyllum), la Listère à feuilles en cœur (Listera cordata), la Racine de corail (Corallorhiza trifida), et le Sabot de Vénus (Cypripedium calceolus) avec sur le site une de ses plus belles populations des Alpes. 
Les pelouses et les prairies sont assez restreintes, du fait de la diminution des activités de pâturage, entraînant la fermeture progressive des milieux. On retrouve des pelouses mésophiles du Mesobromion, des pelouses à stipe et asphodèle sur des pentes assez fortes et plus haut en altitude, de manière très localisée, des pelouses sèches d'affinités steppiques.
Les éboulis calcaires et marneux, souvent actifs donc très peu végétalisés, occupent également des surfaces importantes.
Enfin, dans certains fonds de vallons escarpés, rocailleux et humides, se développent des forêts de ravins, riches en érables et en frênes ainsi qu'en espèces de mégaphorbiaies.
L'étage subalpin est constitué pour une grande part de landines et de pelouses pâturées, notamment dans le cirque de Morgon. On retrouve deux types de pelouses : des pelouses acidophiles (à nard ou à fétuque paniculée) dans les secteurs plats ou peu pentus et des pelouses calcicoles sur les versants. Le pâturage contribue au maintien de ces milieux riches en espèces mais les landes subalpines (à Vaccinium notamment) gagnent progressivement du terrain.
Dans les zones forestières, l'étage subalpin est dominé par le pin à crochets (Pinus uncinata) et le mélèze (Larix decidua). Le pin à crochet se développe sur des landes à genévrier nain, à raisin d'ours en adret, et à myrtille en ubac.
Les éboulis calcaires ont eux aussi une place importance à cet étage et les falaises calcaires hébergent une flore caractéristique, riche en espèces protégées.
L'étage alpin n'est présent que de manière très fragmentaire sur les plus hauts sommets.
